La Reserva Biológica Isla de los Pájaros fue creada en el año 1976 mediante Decreto Ejecutivo 5963, de 28 de abril de 1976 y ratificada en 1982 en la Ley 6794, de 25 de agosto. Posee una superficie aproximada de 4 hectáreas y se ubica en Costa Rica, en el cantón Central de la provincia de Puntarenas. Se encuentra muy próxima a la costa frente a la localidad de Costa Pájaros (a unos 500 m). Esta Reserva Biológica contempla únicamente el área terrestre de isla de los Pájaros, no así el territorio marino que la rodea.

Lo anterior se ve reforzado bajo el amparo del Reglamento de Ley de Biodiversidad (Decreto Ejecutivo Nº 34433-MINAE del 11 de marzo de 2008) donde se establece que las Reservas Biológicas son categorías de manejo y áreas netamente propiedad del estado y cuyo uso de la tierra es de protección absoluta. Además, establece la siguiente definición para las Reserva Biológica.

Por otra parte, considerando la zonificación para el establecimiento de vedas de aprovechamiento y la ordenación pesquera establecida por el Instituto Costarricense de Pesca y Acuicultura (INCOPESCA), la Reserva Biológica Isla de los Pájaros se incluye dentro de la Zona 2, Zona B o bien Golfo Medio1 del Golfo de Nicoya , una zona de reproducción de camarón blanco y sardina gallera. En ésta área se permite el uso de artes de pesca como la cuerda de mano con anzuelo circular, la línea planera (de fondo), la línea de superficie y la nasa para la captura de peces y crustáceos.

El Golfo de Nicoya es uno de los accidentes geográficos más importantes de la Costa Pacífica de Costa Rica. Su sección estuarina tiene un ancho de unos 20 km y un largo de 60 km. Este sistema marino recibe la influencia de los ríos Tempisque y Bebedero mediante el transporte de nutrientes importantes para la ictiofauna y avifauna.

La Reserva Biológica Isla de los Pájaros, representa un sitio importante para aves marinas y, en especial, para numerosos individuos de Pelecanus occidentalis (pelícano pardo) y Fregata magnifiscens (fragatas o tijeretas) que la utilizan actualmente para descanso y dormitorio (la nidificación no se ha observado). También se observaron en menor medida individuos de gaviota de Franklin Leucophaeus pipixcan, atochanchos Phalacrocorax brasilianum, garceta nívea Egretta thula, garceta grande Ardea alba, martinete coroninegro Nycticorax nycticorax, y andarríos maculado Actitis macularius. Ninguna de las especies de aves observadas está actualmente en peligro, aunque cabe destacar que el pelícano pardo ha estado amenazado hasta hace un par de décadas, lo que demuestra la fragilidad y la capacidad de recuperación de algunas de las especies que habitan en el Golfo de Nicoya. En cuanto a flora, se observaron alrededor de 10 especies, una de ellas, el Papalán (Coccoloba guanacastensis, Polygonaceae) es endémica al noroeste de Costa Rica principalmente en Guanacaste y el norte de Puntarenas, y posee una categoría de amenaza Media, según su abundancia. En la Reserva Biológica Isla de los Pájaros, a pesar de que su categoría de manejo prohíbe todo tipo de uso, se observa claramente rastros de extracción de madera y fuegos recientes. La abundante basura y un sendero abierto en la isla, indican que el sitio es comúnmente frecuentado por personas debido a la cercanía a tierra y a la escasa vigilancia.

Las áreas protegidas, y en especial las islas, cumplen una función clave para reducir los efectos del Cambio Climático (como barreras frente a las tormentas o elevaciones del nivel del mar). Las principales medidas de adaptación en Isla de los Pájaros necesariamente deben considerar la reducción de las presiones y la recuperación de los parches de manglar visiblemente muy reducidos y alterados.

El Golfo de Nicoya fue uno de los sistemas estuarinos más productivos del mundo para la pesca en Costa Rica, la captura de escama y de crustáceos y considerado uno de los sitios de mayor diversidad de moluscos, bivalvos y gasterópodos. Hoy en día, esta situación ha variado debido al uso irracional y a la contaminación. A pesar de ello, la pesca, la extracción de moluscos y el turismo siguen siendo clave para la economía de la zona y parte importante de los medios de vida de las comunidades que, según PNUD para el año 2009, poseen un índice de desarrollo humano cantonal débil.