La idea de crear el PNMB surge por un grupo de vecinos y pequeños pescadores de las comunidades de Bahía Ballena y Piñuelas preocupados por la conservación y preservación de los recursos marinos de la zona, ya que se estaba dando una actividad pesquera comercial muy fuerte, en especial la que comercia el camarón; estas grandes compañías estaban invadiendo sus áreas y dañaban sus trasmallos y por ende estaban también perjudicando los recursos marinos del lugar.

Es por lo anterior y considerando la importancia del ambiente marítimo del Pacifico Sur de Costa Rica que se crea el PNMB mediante Decreto Ejecutivo N.º 19441-MIRENEM el 14 de diciembre de 1989; sin embargo, este decreto fue derogado en 1990 y fue hasta el 09 de junio de 1992 que se legitimó la creación del parque mediante Decreto Ejecutivo N.º 21294-MIRENEM, siendo el objetivo principal de su creación proteger los ecosistemas marino-costero como manglares, estuarios, playas arenosas, acantilados e islotes, que constituyen sitios de gran belleza escénica y valor natural. Así como un refugio temporal para los cetáceos como la ballena jorobada y el delfín nariz de botella, entre otros.

El PNMB constituye la primer área silvestre protegida costarricense creada exclusivamente por sus recursos marinos. Además, representa el primer parque marino en Centroamérica (UCR-FUNDEVI 1995/SINAC), y se encuentra en la octava posición como mejor sitio para el avistamiento de cetáceos del mundo, conforme a National Geographic.

El PNMB cuenta con una extensión de 5160 hectáreas marinas y 171 hectáreas terrestres con una franja costera de 15 km de largo que va desde la desembocadura del Río Morete hasta Punta Piñuela.

En cuanto a vegetación los parches de bosque más importantes están en Punta Ballena y en Punta Piñuela, se pueden encontrar árboles de ojoche, cedro maría, chicosapote y lagartillo. El manglar, en estero negro y alrededores, está formado por mangle rojo, botón, palo de sal.

Con respecto a fauna además de la ballena jorobada, se pueden encontrar especies como el delfín manchado, el delfín nariz de botella, la mantarraya, el tiburón martillo, el pez loro y la macarela. La Isla Ballena también es un importante sitio de anidación del ibis blanco; otras especies de aves que se encuentran en el parque son la tijereta de mar y el piquero canelo. También posee 17 especies de corales.

Atractivos

El Parque Nacional Marino Ballena comprende en su área terrestre las playas de Uvita, Colonia, Arco, Ballena y Piñuela, mientras que en su área marítima se encuentran las rocas Tres hermanas, Roca la Viuda, Isla Ballena y el Tómbolo o Cola de Ballena. Esta diversidad hace que el parque nacional esté compuesto de diferentes ambientes como acantilados, arrecifes, playas arenosas, playas pedregosas, manglares, bosque primario y bosque en sucesión.

Entre los principales atractivos del parque nacional se encuentran:
Tómbolo en forma de Cola de la Ballena: es una formación geológica natural rocosa y arenosa que solo se puede acceder a ella durante las 6 horas de marea baja.
Arrecifes coralinos: el lado izquierdo del tómbolo e Isla Ballena son áreas donde se presentan arrecifes de coral por lo que se puede practicar snorkel.
Observación de cetáceos: se da el avistamiento de ballenas jorobada las cuales se presentan en dos temporadas del año, las que vienen de la parte norte (diciembre a abril) y las del sur (julio a noviembre); y además se pueden observar delfines residentes durante todo el año.
Isla ballena y rocas Tres Hermanas: son formaciones rocosas en las que se puede dar la anidación y observación de diferentes especies de aves.
Playa Arco: playa de gran belleza escénica que solo se puede ingresar y salir durante la marea baja y su entrada oficial es por el Sector de Ballena.