El Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena se creó el 21 de septiembre de 2018.

Bahía Santa Elena se ubica en la costa norte de la Península de Santa Elena, en el distrito de Santa Elena, cantón La Cruz, provincia de Guanacaste. Esta fue identificada como un sitio de Importancia para la conservación mediante el análisis de representatividad biológica y amenazas para la identificación de “vacíos de conservación” en ambientes marinos (SINAC 2008). A partir de entonces, se ha trabajado para consolidar su uso sostenible. La bahía es un cuerpo de agua marginal semi-cerrado, con un fondo marino constituido por sustratos rocosos y arenosos con diferentes relieves, además de contar con rocas sumergidas.
El área definida como Sitio de Importancia para la Conservación Bahía Santa Elena tiene una extensión de 727,91 ha e incluye las bahías Santa Elena, Lucas y Matapalito. La línea interior de costa que bordea las bahías es parte del PN Santa Rosa, por lo cual es territorio dedicado estrictamente a la conservación de sus ecosistemas. La porción marina de las bahías se dedica a la extracción de recursos y al turismo. Esta área marina protegida fue declarada por los vecinos de Cuajiniquil, El Jobo y Puerto Soley, en La Cruz de Guanacaste.

Las mayores profundidades de 30-35 m se encuentran en la boca de BSE, mientras que el interior es relativamente somero. La mayor parte de la línea de costa dentro de las bahías Santa Elena y Matapalito está formada por playas de arena fina, excepto en Estero Grande, donde predominan limo y arena. Existen pequeñas secciones como las puntas Pochote y Sortija, donde afloran formaciones rocosas. El fondo de Bahía Matapalito está constituido por arena y rocas coralinas en su parte menos profunda, y por fondo marino y roca sumergida en su parte más profunda.

Caracterización climática
Bahía Santa Elena se encuentra en la región Pacífico Norte o seco, según la clasificación del IMN. Los datos climáticos del Cuadro No. 1 corresponden a los registros de la estación meteorológica del IMN en Liberia, representativa de la región, y de un pluviómetro en el puesto Murciélago en el PN Santa Rosa. La región Pacífico Norte se caracteriza por temperaturas máximas entre 30,9°C y 35,9°C y temperaturas mı́nimas entre 20,7°C y 23,4°C. Las temperaturas suelen mantenerse sin cambios drásticos durante el año.
La región presenta dos periodos con una marcada disminución de lluvias: Uno entre diciembre y marzo y el otro en julio (veranillo de San Juan) y dos periodos de máxima precipitación: Uno entre mayo y junio y el otro -mayor que al anterior- entre agosto y octubre. Abril y noviembre se consideran periodos de transición. La mayor humedad relativa se alcanza en octubre y la menor en marzo.
El Pacífico Norte se ve influenciado por fuertes vientos del este desde diciembre hasta abril -reforzados por frentes fríos que incursionan por el Caribe- y de mayo a noviembre por vientos provenientes del oeste, favorecidos cuando se presentan ciclones tropicales en el Caribe. En la época de vientos del este, estos son canalizados a través de depresiones topográficas como la que se ubica en las tierras bajas del sur de Nicaragua y el norte de Costa Rica, la cual produce una corriente en chorro cuyos vientos se conocen como los “Papagayos”, con velocidades máximas cercanas a los 50 m/s. Estas corrientes en chorro se pueden extender hasta unos 500 km mar adentro desde la costa pacı́fica, produciendo un intenso oleaje y disminución de la temperatura del agua del mar.
Área de influencia del SIC BSE
El distrito Santa Elena, donde se ubica el SIC BSE, posee un 85% de su territorio ocupado por áreas protegidas (PN Santa Rosa, PN Guanacaste y RNVS Playa Junquillal), por lo que el área de influencia al SIC BSE, en donde viven personas permanentemente, corresponden a los poblados de Cuajiniquil y El Jobo.
En Santa Elena se practica la pesca artesanal y semi-industrial. La pesca está dirigida a la captura de pargos, cabritas, jureles, corvinas, robalos, peces ornamentales, langostas, pulpos, caracoles, bivalvos y otros. Se cuenta con buena infraestructura pesquera, tanto artesanal como semi-industrial: muelle, fábrica de hielo y varios recibidores o centros de acopio de productos pesqueros.

Los objetivos de conservación que orientarán la planificación y gestión del Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena son los siguientes:
a-Promover y garantizar la conservación y uso sostenible de los recursos marinos costeros del sitio, así como la distribución justa y equitativa de los beneficios que se derivan de los mismos.
b-Asegurar la reproducción de peces y otros organismos marinos en el Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena.
c-Mitigar la amenazas que enfrentan los elementos focales de manejo área marina Bahía Santa Elena.
d- Regular y promover la pesca responsable en el Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena.
e-Promover la coordinación interinstitucional para una mejor gestión marina y social del Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena.
f-Impulsar programas de sensibilización sobre la importancia de cuidar los recursos marino costeros del Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena.
g-Promover la participación de las comunidades en el uso y conservación de los recursos del Área Marina de Manejo Bahía Santa Elena.